南京中医药大学是江苏省重点一本大学，中医药类大学全国前三。南京中医药大学在江苏是本科第一批次招生，在全国基本上也是第一批次招生，通常认为南京中医药大学是一本大学。南京中医药大学是双一流大学。于2017年加入国家双一流大学行列。