公司以农民工工资流水为途径可能违反法律。若公司用此方式来实现非法目的，例如逃税或骗取资金，这便触犯了财务和税务方面的法律。对于劳动者权益保护领域，农民工工资该如实体现他们的劳动价值。如果存在恶意造假的工资流水，那就会侵犯农民工的法定权利。然而，若公司行为在财务制度框架内，准确反映了工人劳务报酬的发放，且严格遵守着财务和税务法规的要求，那么这样的操作并不构成违法。判断是否违法需结合行为动机、手段及相关法规进行全面分析。