南沙海关是受广州海关直接领导，按授权负责广州市南沙区范围内海关各类管理工作的正处级隶属海关。同时该海关还需办理海关业务，反馈执法作业结果，完成广州海关交办的工作。其辖区范围内包括港澳小型船舶码头、大型国际集装箱码头、保税仓和保税港区等。