二级科员的退休金标准为基本养老金加上个人账户养老金。其中，基本养老金按照职级和工龄确定，一般在3000元左右。个人账户养老金则根据个人缴费情况和投资收益进行累积，具体数额因个人不同而异。综合来看，二级科员的退休金大致在4000到6000元之间。