瑞幸联营店和直营店在业务运营和权限上存在差异。一般来说，瑞幸联营店是由合作伙伴经营的，而直营店则是由瑞幸咖啡直接经营的。联营店在经营策略上受到一定的，比如不允许使用瑞幸咖啡的品牌、不允许销售瑞幸咖啡的产品等。