建设方原工程量清单中有此项目，但后来取消了此清单项目，施工单位应该根据合同约定进行处理。如果合同中明确规定了取消项目后的处理方式，则施工单位应该按照合同约定进行相应的处理。如果合同中没有明确规定，则双方应该协商解决。