低保户在市三甲医院的新农合报销比例最高为百分之六十。这意味着低保户在三甲医院的医疗费用中，可以通过新农合报销的部分最高为百分之六十。需要注意的是，具体的报销比例可能会因地区和的不同而有所差异，所以最好咨询当地的相关部门或医院了解具体情况。