三司所属专门负责审计工作的是勾院和都磨勘司。国初置三司总国计，即置三部勾院。三部勾院与盐铁、度支、户部三司对应，亦设盐铁院、度支院和户部院，分别对口对三司进行审计监督。其具体职能是“掌勾稽天下所申三部金谷百物出纳账籍，以察其差殊而关防之”。