1、存储内容不同：系统U盘存储的是操作系统和引导文件，而普通U盘存储的是用户数据和文件。2、功能不同：系统U盘除了存储功能外，还有引导系统的功能，可以在计算机启动时从U盘中加载操作系统；而普通U盘只能用于存储和传输文件。