没有。根据福州网查询福州旗山万佛寺原为旗山石松寺，始建于宋大中祥符年间，经明成化、万历年间两次修建，颇具规模，曾是福州佛教圣地之一。妈祖是中国民间信仰中的海神女神，与佛教没有直接的关系。因此，在福州万佛寺没有妈祖。