南京医科大学江宁校区位于江宁大学城东北部，背靠东山镇，东邻宁杭高速公路、高速铁路，北侧是天元路、104国道，西侧是大学城60米景观大道。附近有宁杭高速、绕越公路出口。地铁一号南延线出口(位于正大门)和江宁长途汽车站，距离南京火车南站约10公里，交通便捷。校区呈长方形，占地约1470亩。