申请特许猎捕证的程序如下：(一)需要捕捉国家一级保护野生动物的，必须附具申请人所在地和捕捉地的省、自治区、直辖市林业行政主管部门签署的意见，向林业行政主管部门申请特许猎捕证。(二)需要在本省、自治区、直辖市猎捕国家二级保护野生动物的，必须附具申请人所在地的县级野生动物行政主管部门签署的意见，向省、自治区、直辖市林业行政主管部门申请特许猎捕证。(三)需要跨省、自治区、直辖市猎捕国家二级保护野生动物的，必须附具申请人所在地的省、自治区、直辖市林业行政主管部门签署的意见，向猎捕地的省、自治区、直辖市林业行政主管部门申请特许猎捕证。动物园需要申请捕捉国家一级保护野生动物的，在向林业行政主管部门申请特许猎捕证前，须经建设行政主管部门审核同意。