1、测序通量：长读长技术的测序通量明显低于短读长技术，而短读长技术有更高的测序通量，能够更全面地检测基因组的变异和结构变化。2、错误率：长读长技术的错误率高于短读长技术，而短读长技术通过使用特殊的文库制备方法和仪器，可以降低错误率，提高检测的准确性。3、对RNA文库的质量要求：长读长技术对RNA文库的质量要求更高，需要高质量的RNA文库才能准确捕获转录本的全长序列，而短读长技术对RNA文库的要求相对较低。