娃娃鱼开专票税率是9%。娃娃鱼属于水产品，产品的开票税率是9%。如果是流通环节销售水产品，按照销售农产品，适用税率9%。另外小规模纳税人销售水产品，征收率3%，销售方按照实际适用的税率或者征收率填写税率栏。