1、生防菌在田间自然条件下定殖能力差。大多数生防菌是在试验条件下筛选鉴定的，与田间自然条件有很大区别，这些生防菌在田间施用后往往因定殖能力弱，形不成足够的生物群体而降低防效。2、生防菌的抗药能力差。在试验条件下，有的生防菌生防效果不错，但在田间由于田间残留的农药或施用农药后，种群数量迅速下降。3、菌株稳定性问题。目前生防菌制剂多为活菌制剂，田间应用时常受到温度、湿度、土壤pH值等外界因素的影响，因此防治效果不稳定。