1859年后，随着达尔文进化论的提出，系统分类系统应运而生，旨在通过生物进化原理，建立能够反映植物类之间亲缘关系和植物界客观演化规律的分类系统。这一时期出现了多种分类系统，如恩格勒系统、哈钦松系统、塔赫他间系统和克朗奎斯特系统。在我国，种子植物的分类历史同样悠久。随着科学技术的进步，分类方法也经历了从传统形态分类法到现代实验分类法的转变。传统分类方法主要依赖于植物的外观形态特征，而实验分类法则通过生物化学、细胞学等实验手段进行分类。细胞分类学中，染色体作为重要的分类性状被广泛应用。染色体数目、核型分析以及染色体组分析为植物分类提供了重要依据。化学分类学则通过检测植物中的化学成分进行分类。孢粉分类学则利用孢子和花粉的特征进行分类。血清鉴定技术则通过沉淀反应判断植物间的亲缘关系。