孢子丝菌病的发病机制多样。真菌孢子通过皮肤外伤处植入人体，也可经口腔黏膜进入消化道，甚至通过呼吸道侵入肺部，或经血液循环传播至内脏和骨骼。感染初期，侵入部位会出现一个坚韧、无痛的皮下结节，呈淡红色，不与皮肤粘连。随着结节增大，颜色变为淡紫或绀紫，最终破溃，排出少量黏性脓液，愈合后可能留下瘢痕。此外，感染还可以通过皮肤淋巴管传播或自我接种在远隔部位，引发多个结节。系统性损害则通过血行播散引起，可能侵犯骨、关节、眼、黏膜、肺、心肌、肝、脾、肾、腺体和中枢神经系统。症状的严重程度和具体受累器官的不同，患者的临床表现也会有所差异。