秦淮河两岸为低洼圩区，地面高程6米至8米，圩区后面是丘陵山区，地面高程300米以下。此河又是一条“山水头、潮水尾”型河道，受长江水位和秦淮河流域降雨的影响，洪涝和断流干涸现象经常发生。