在碱性催化剂催化的酯交换反应中，真正起活性作用的是甲氧阴离子，攻击甘油三酯的羰基碳原子，形成一个四面体结构的中间体，这个中间体分解成一个脂肪酸甲酯和一个甘油二酯阴离子，这个阴离子与甲醇反应生成一个甲氧阴离子和一个甘油二酯分子，后者会进一步转化成甘油单酯，然后转化成甘油。