尽管从外观上看，蕈菌与微生物截然不同，长期以来它们一直被归类于植物学的研究范畴。然而，通过对其进化历史、细胞构造、早期发育特点、生物学特性以及研究方法等多方面的综合考察，可以证明蕈菌实际上与其他典型的微生物——即显微真菌——具有高度的一致性。进一步地，如果将大型子实体理解为一般真菌菌落在陆地条件下的特化与高度发展形式，那么蕈菌与其它真菌就几乎没有什么区别了。蕈菌的种类繁多，大多数属于担子菌类，仅有极少数属于子囊菌类。从形态学角度来看，尽管蕈菌看起来与微生物有所不同，但它们在细胞构造和生物学特性上与显微真菌有着惊人的相似之处。因此，从严格的生物学分类来看，蕈菌应被视为真核微生物。这一结论不仅基于形态学上的观察，更基于深入的细胞学和分子生物学研究。