水合氯醛的不良反应包括对胃黏膜有刺激，引起恶心、呕吐，大剂量时能抑制心肌收缩力，缩短心肌不应期，抑制延髓的呼吸及血管运动中枢，对肝、肾有损害作用，偶有发生过敏性皮疹、荨麻疹，长期服用可产生依赖性和耐受性，突然停药可引起神经质、幻觉、烦躁、异常兴奋、妄想、震颤等严重撤药综合症。水合氯醛的禁忌症包括肝、肾、心脏功能严重障碍者禁用，间歇性血卟啉病患者禁用。对于特殊人群，儿童在妊娠和哺乳期使用时需谨慎，尽管水合氯醛能通过胎盘，但在动物或人均尚未遇见致畸，但在妊娠期经常服用，新生儿可能产生撤药综合征。水合氯醛能分泌入乳汁，可致婴儿镇静。