今本《史记》依旧保持一百三十篇的规模，但其中确有少数篇章并非司马迁所著。汉元帝、汉成帝时期的博士褚少孙对《史记》进行了补写，今本中“褚先生曰”的部分即是他的作品。《武帝纪》、《三王世家》、《龟策列传》及《日者列传》四篇即是由褚少孙补缺的。《汉书·艺文志》记载，冯商也曾续补《太史公书》七篇，而韦昭指出冯商受诏续补十余篇。刘知几认为续补《史记》的不仅限于褚、冯两家，多达十五家之多。后人多认为《史记》确实存在残缺，但其整体框架和内容仍然是司马迁的原作。