对于病株在0.2%～5%的轻病田，主要采取种植无病、抗病或耐病品种，结合无病土精加工棉种育苗移栽，以控制该病发生。同时，开沟排渍，降低地下水位，增施磷、钾肥，提高抗病、耐病能力，清除病残体。而对于病株在5%以上的重病田，主要依靠种植抗病、耐病品种及轮作等有效途径。近年来，使用12.5%治萎灵液剂200～250倍液，于发病初期、盛期各灌1次，每株灌对好的药液50～100毫升，防效可达80%～90%。