1、分子结构：琥珀酰辅酶A是琥珀酸与辅酶A的组合物，而乙酰辅酶A是辅酶A的乙酰化形式，可以看作是活化了的乙酸。2、合成来源：琥珀酰辅酶A在三羧酸循环中是一个重要的中间产物，是由α-酮戊二酸经由脱羧作用合成自α-酮戊二酸，并加上辅酶A。而乙酰辅酶A是脂肪酸的β-氧化及糖酵解后产生的丙酮酸氧化脱羧的产物。