不能。申请慢性疾病特殊门诊，首先要符合门诊特殊慢性病的认定标准，而慢性胃炎，反流性食管炎不符合符合门诊特殊慢性病的认定标准。门诊特殊慢性病种类，共计29种，慢性肝炎、慢性支气管炎、慢性阻塞性肺疾病、慢性支气管哮喘等属于特殊病种。