孕妇腹泻的治疗主要依靠补充体液和电解质，尤其是钾离子，同时补充因腹泻失去的热量，密切观察胎儿情况是否良好，有无早产或流产的征兆。对于抗生素的使用，孕妇要特别小心，很多常用的抗生素和抗原虫药物不仅有不良反应，还可能有致畸的风险。例如，甲硝唑对实验动物有致畸作用，因此在妊娠期尤其是怀孕前三个月应避免使用。一些缓和的抗腹泻剂如高岭土、果胶可被考虑使用，这些药物可以吸收水分减少肠蠕动；活性炭片也可作为治疗选择。思密达是一种八面礞托石，它具有较大的吸附面，不被机体吸收，不但能吸附水分，还能吸附一些致病菌，因此被认为是安全有效的。红霉素和氨苄青霉素一般认为对母婴都是安全的。