1、品牌差异：旗舰店为自有品牌企业（品牌必须向所有人或所有人的法定代表人申请开业），而专营店则是经营多个品牌或多个品类的店铺。2、运营管理：旗舰店由品牌正式运营，直接供货管理；而专营店则是由被分配给其他公司品牌运营，现在有很多天猫店都是通过这种方式经营的。