1、入药部位不同：川椒：川椒的入药部位是果皮。川椒为芸香科植物青椒(香椒、青花椒、山椒、狗椒)或花椒(蜀椒、川椒、红椒、红花椒、大红袍)的干燥成熟果皮。川椒目：川椒目是入药部位是种子。川椒目为芸香科植物花椒的种子。2、功效不同：川椒：温中止痛，杀虫止痒。川椒目：利水消肿，祛痰平喘。用于水肿胀满，哮喘。