社保卡在购买药品时的扣费机制是根据医保的两个账户进行的。首先，个人账户（通常在医保卡内）主要用于在指定药店购买药品，以及支付门诊和住院费用中个人需要自付的部分。这部分资金可以直接用于消费，无需先垫付后报销。其次，统筹账户由医保中心管理，它负责处理符合当地医保报销条件的费用。当参保人员在定点医院就医时，只需出示社保卡以确认身份，医疗费用中的自付部分由个人通过医保卡或现金支付，医保报销的部分则由医保部门和医院直接结算，无需个人先行支付再申请报销。