1、法律责任：根据相关法律法规，纳税人有义务积极回应税务机关的协查函。选择不回复或故意拒绝提供相应的信息，会面临罚款、滞纳金甚至刑事处罚等法律后果。2、不利的税务处理：税务机关会基于不回复的情况，对纳税申报进行估算、重新调整或进行税务复议。这导致被要求支付更高的税款或承担其他相关的税务责任。3、不良信用记录：未回复税务机关的协查函会影响信用记录和商业声誉。这会对贷款、借款、办理证照等方面产生负面影响。