1、形态结构不同：短杆菌属于细菌，为短杆状或梭形状，单细胞构成，霉菌属于真菌，呈现多细胞结构，由长丝状的菌丝构成。2、细胞壁不同：短杆菌的细胞壁主要由肽聚糖构成，而霉菌的细胞壁则主要由纤维素和壳多糖构成。