违法。医院里不按工资按档案工资缴纳养老金是违法的，因为法律依据《中华人民共和国社会保险法》第十二条用人单位应当按照国家规定的本单位职工工资总额的比例缴纳基本养老保险费，记入基本养老保险统筹基金。