水环境毒理学与其环境毒理学的区别主要在于研究对象和重点关注的生态环境因素。水环境毒理学专注于研究水生生物，特别是鱼类、昆虫、水蚤等生物体，如何受到水环境中污染物的影响，如农药、重金属、工业废水等。这些污染物对水生生物产生的毒性效应以及其作用机理是水环境毒理学的重点。其环境毒理学则涉及大气、土壤、生态等多个领域，研究范围更为广泛。大气环境毒理学主要关注空气中的污染物对人类和生态系统的毒性效应，土壤环境毒理学则关注土壤中的污染物对植物和土壤生物的影响等。