1、线路方面：广州东站是一等站，主要服务于广州市内和穗莞深城际铁路、广汕铁路等客运专线的引入，而广州南站则是国家“八横八纵”的三大干线通道的交会点，并连接深茂铁路与广汕高铁，是粤港澳大湾区、泛珠江三角洲地区的铁路核心车站，线路比广州东站更丰富。2、规模方面：广州东站的规模相对小，共有4条正线和10条到发线，而广州南站是亚洲最大的高铁站之一，拥有15个站台、28股道和28站台面。广州南站，位于中国广东省广州市番禺区境内，又称广州新火车站、广州铁路新客站，是中国铁路广州局集团有限公司管辖的特等站。