按自动开标中标方报价总额3%扣除信誉保证金/投标保证金。根据查询招标投标实施条例，阳光采购平台发布中标公告前，供应商若放弃中标，按自动开标中标方报价总额3%扣除信誉保证金/投标保证金。发布公告后，供应商拒绝签订合同，按中标金额5%扣除信誉保证金/投标保证金。