1、起源不同：伤寒明理论源自《伤寒杂病论》，而医方考则出自于《丹溪心法》。2、理论内容不同：伤寒明理论主要是阐述太阳经病的发病、传变、治法等内容，而医方考则着重于介绍名医的治疗方法、方剂选用和经验总结等。3、观点不同：伤寒明理论认为人体疾病多由外邪入侵引起，强调通过汗、吐、泻等方法治疗，而医方考则认为疾病分类治疗，强调药物对症下药。