1、结构不同：红水晶属于三方晶系，常呈六棱柱状，红玛瑙常呈致密块状形成各种构造。2、成分不同：红水晶是一种石英结晶体矿物，是二氧化硅结晶最完美的形态。红玛瑙是混有蛋白石和隐晶质石英的纹带状块体，二氧化硅胶化脱水后的形态。