根据上海市的规定，对于机动车违反限行规定的处罚方式是首次违法会收到一份警告通知，并不会被罚款或扣分。在接下来的限行时间内再次违反规定，则将被处以100元的罚款并扣除1分。表示第二次及之后每次进入限行区域都会受到相应的经济和交通管理措施惩罚。