1、性质不同，中书省是皇帝直属的中书官署，为秉承君主意旨，掌管机要、发布皇帝诏书、政令的最高机构。行中书省是元行政区划名，民间简称“行省”或“省”。元置中书省总理全国政务，也称都省。2、中书省的职能起草诏令，管理的任命、处理国家的重要事务。行中书省在当时主要作为军事管理，掌管所辖省内的钱粮、兵甲、屯种、漕运及其他军政事务。