乙方承担。工程项目转扣金额是代付款一类的签证。比如待支付材料费、单项承包费（门窗、消防等）等项目的支付。有甲方直接支付给收款方，结算时从总包总工程款中扣除。所以工程项目转扣金额是由乙方承担。