拇指西瓜，虽名为“西瓜”，但在遗传特性上与普通西瓜存在显著差异。不是转基因水果，这一点可以从其育种过程得到解释。转基因技术涉及将一种生物的基因转移到另一种生物中，以赋予后者新的特性。拇指西瓜的培育并不涉及这种技术。是自然选择和遗传变异的产物。在长期的自然演化过程中，植物会发生基因突变，从而产生新的性状。拇指西瓜就是这种突变的一个例子，其基因序列中并未加入任何外源性基因，所以不属于转基因水果。