巴塘县海拔2300米至4600米高。巴塘县北部极高山区平均海拔3300米。中南部高山峡谷区般海拔在2800米以下。中东部半高山、高山区海拔在2800米至3300米之间。巴塘县地处横断山脉北端金沙江东岸河谷地带，横断山脉纵贯全境，其地形随金沙江走向由北向南倾斜，并呈现北高南低，东高西低之状。地势走向在昌波河口以上为北东南西向，在昌波河口以下为北南向。巴塘县位于四川西部青藏高原东南缘，金沙江中游东岸的川、滇、藏三省(区)结合部，东与理塘、乡城两县接壤，南与得荣县毗邻，西以金沙江中心与的贡觉、芒康县和云南的德钦县相望，北与白玉县相连。巴塘县由于海拔高度、南北走向的山脉和大气环流的影响，属高山高原气候。