权限不一样。法人卡是企业的电子口岸管理卡，是对操作员卡的权限进行管理的，法人卡没有具体报关业务的功能，只能给本企业的操作员卡授权，由操作员卡来进行具体的报关等业务操作，一个企业的电子口岸只能有一张法人卡，但可以管理本企业的多张操作员卡。