员工在自行隔离期间的工资待遇应该按照正常工作期间的工资待遇合理发放，根据国家防疫要求规定，因为疫情而需要隔离或医学观察的，在此期间的工资待遇应当由所属企业按照正常工资标准来进行支付。法律依据。《中华人民共和国传染病防治法》 第三十一条 任何单位和个人发现传染病病人或者疑似传染病病人时，应当及时向附近的疾病预防控制机构或者医疗机构报告。