元朝当时是设立管辖的机构是澎湖巡检司，负责管辖澎湖和琉球，这是历史上王朝首次在地区正式建立的行政机构。法律依据。《行政机构设置和编制管理条例》。第四条 行政机构的设置以职能的科学配置为基础，做到职能明确、分工合理、机构精简，有利于提高行政效能。根据国民经济和社会发展的需要，适应社会主义市场经济的要求，适时调整行政机构；但是，在一届任期内，组成部门应当保持相对稳定。第五条 行政机构的设立、撤销或者合并，由机构编制管理机关事先组织有关部门和专家进行评估和论证。