正厅局级别。厦门海关是厅局级机构，其中关长为正厅局级，也为正厅局级，下设21个职能部门，14个隶属单位，10个事业单位，拥有全国唯一的“海峡两岸农产品检验检疫厦门中心”，共有国家检测重点实验室14个、区域实验室14个。