1、所属线路不同：佛山西站是广佛肇城际铁路、贵广铁路、南广铁路的交汇站点，广州南站是京广高铁、广深港高速铁路、贵广高铁、南广铁路、广珠城轨、粤西沿海铁路的交汇站点。2、途经站点不同：佛山西站途经狮山站、狮山北站、三水北站、云东海站，广州南站途经庆盛站、虎门站、光明城站、深圳北站。