不归。《港口基础设施维护管理规定》规定：省级交通运输主管部门负责指导本行政区域内港口基础设施维护管理工作，港口所在地的港口行政管理部门负责具体实施港口基础设施维护的监督管理工作，因此港口基础设施不归水上中队管理。