1、编制不同：双轨制教师无编制，是临聘人员或称为合同工，而合同制教师有编制为事业编，是事业单位工作人员。2、待遇不同：双轨制教师属于临聘人员，无法晋升和调动，退休后的待遇按照与当初所在单位签订的合同处理，而合同制教师可以调动，退休后享受相应的社保和职业年金。