需要。物流公司年毛利50万要交企业所得税的，缴纳的比例根据企业的具体情况而定。企业所得税应根据企业年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额。